La naturaleza y variedad de los numerosos aspectos del campo de la salud, de sus organizaciones, de su tecnología, de los profesionales, de los usuarios, y otros aspectos, requiere pluralidad metodológica para comprender los fenómenos que se dan en el sector de la salud. Por estas razones, se pueden requerir métodos cuantitativos o cualitativos.

La metodología cualitativa es un tipo de investigación que produce datos (que no se analizan estadísticamente) mediante un conjunto de técnicas, procedentes del campo de las Ciencias Sociales (por ejemplo, la entrevista abierta, el grupo de discusión y la observación participante).

La perspectiva que ofrece la investigación cualitativa puede ser muy útil para producir conocimiento sobre las diferentes percepciones de salud y enfermedad en los grupos sociales, sobre el complejo mundo de las interacciones humanas (por ejemplo entre médicos, entre médicos y pacientes, o entre directivos y médicos), o sobre los significados de la cultura organizacional, por ejemplo.

A veces, las técnicas cualitativas son el paso previo a un método cuantitativo. Por ejemplo, un estudio que pretenda conocer las percepciones de personas, o la motivación de los profesionales en una institución determinada, suele requerir primero un cuestionario. El cuestionario se suele elaborar con técnicas cualitativas (grupos de discusión o entrevistas). El cuestionario, una vez elaborado, se suele utilizar como instrumento de recogida de datos (por ejemplo encuestas) cuyo análisis puede ser cuantitativo.

TAISS ha aplicado técnicas de investigación cualitativa en numerosas ocasiones, por ejemplo para desarrollar su cuestionario sobre motivación de médicos, o sobre motivación en el personal de enfermería, ambos validados para España. También ha utilizado esta técnica para realizar estudios sobre la relación, comunicación, toma de decisiones en el contacto médico-paciente, desde la perspectiva de médicos y pacientes; sobre la valoración del procedimiento de consentimiento informado escrito por médicos y pacientes; problemas de orgaizaciones sanitarias percibidas por sus miembros.